Zendesk incluye cuatro niveles de precios que ayudan a los prospectos a encontrar la solución que mejor se adapte a sus negocios (Essential, Team, Pro, Enterprise). Un aspecto importante de todos los planes de Zendesk es que los clientes deberán pagar por cada usuario, independientemente de su nivel de acceso. Sin embargo, Zendesk no depende de complementos de pago para completar su producto, aunque hay que destacar una excepción: Zendesk Collaboration. Este complemento requiere de una suscripción de pago que permite que los usuarios con acceso limitado utilicen Zendesk.
Freshdesk ofrece una solución económica con cuatro niveles de precios para las empresas con tamaños y necesidades variables (Blossom, Garden, Estate, Forest). Asimismo, se enfoca en soluciones más simples y compactas que se pueden optimizar para casos de crecimiento, aunque son mejores para una base de clientes más pequeña y sencilla. Sin embargo, debido al cambio en los precios de Zendesk que dio lugar al surgimiento de este competidor, se espera que los planes de precios de Freshdesk tiendan a ser más rentables y basados en el valor que los de Zendesk.